A Igreja integrava-se numa das portas da Vila murada (Porta de Alporão).

No século XIV, à porta principal e claustro da capela, realizavam-se reuniões do concelho onde se discutiam os problemas da Vila.

Depois da extinção dos freires ( a 30 de Junho de 1834) a capela foi adquirida por um particular e serviu de arrecadação.

Em 1910 o edifício foi classificado como Monumento Nacional, sofrendo ainda nas décadas de 30, 50, 70 e 80 obras de restauro. De modo a evitar maior degradação do antigo edifício religioso e querendo apetrechá-lo com uma função mais condigna com a sua natureza, o Governador Cívil do Distrito entregou-o a uma Comissão encarregada de estabelecer na capital de distrito um Museu.