Construído fora de portas no local onde existia o velho poço dos Arcebispos, foi fundado em 1592, por iniciativa do Arcebispo de Lisboa, D. Miguel de Castro.

As obras começaram em 1615 e a sua construção prolongou-se até 1649.

A Igreja do Hospital, nome que se deve à instalação, neste espaço, do antigo hospital fundado por João Afonso, em 1834, quando da extinção das ordens religiosas, possui uma fachada maneirista, estilo chão.

O conjunto conventual do Sítio que pertence à Misericórdia de Santarém, deixou recentemente de ser unidade hospitalar e é hoje um estabelecimento de ensino. A sua Igreja continua ao serviço do culto católico.